传染病的分子诊断提供了广泛的目前和未来的临床应用，用于检测特定的或广泛的病原体（例如，综合症检测组合），评估新出现的传染病原体，监测，早期检测生物威胁因素，以及剖析抗菌素和抗病毒的抗性。
这些应用有望随着检测灵敏度和特异性的提高、多重检测能力的扩大以及相对于传统测定的成本效益的提高而扩大。
无论试剂和测试试剂盒是市售的还是在实验室内准备和开发的，临床实验室都有独特的责任和挑战，即理解、适当使用并向临床医生传达使用分子诊断测试结果的必要信息。
一般来说，传染病的诊断测试分为三个重叠的类别：筛查性测试、诊断性测试和确认测试。
在临床环境中，所有这三种一般类型的测试都可用于识别感染的患者，以达到治疗和管理的目的。
同样的测试类型也可用于使用非临床样品（即食品、水和环境来源）的监测和监控，以及用于兽医和农业。
分子诊断测试可单独使用，或在其他实验室测试的算法中使用（如反射性测试），用于诊断、预后、监测、筛查或风险评估。
它们也可与其他诊断性研究一起使用。
01 传染病分子诊断测试的效用
理论上，随着越来越多的病原体被测序和编目，许多生物可以用分子方法进行检测和鉴定。
然而，使用任何特定的分子诊断方法的决定必须基于测试结果的临床价值。
分子方法最早的应用是鉴定那些不容易培养、需要长时间培养或由于技术原因（如标本运输要求、周转时间长、技术要求高的程序）不容易恢复的生物。
具有更快的周转时间和复用能力的自动化平台和方法的发展，增加了更广泛地应用分子诊断方法的实际优势，用于患者分流、感染对照和更快速的治疗决定。
实际优势必须与许多分子方法的局限性相平衡，包括因污染或交叉反应造成的假阳性结果以及因抑制和不适当的标本处理造成的假阴性结果。
此外，现有的测定平台可能无法同时识别多个物种/变种、毒力决定因素和耐药性，因此有必要在使用分子方法的同时继续使用传统的培养回收方法[21]。
02 分析灵敏度
对广泛的分子诊断方法工作知识有限的临床医生可能会有不切实际的期望，认为分子诊断测试是非常灵敏的，比其他诊断测试方法具有更高的阴性预测值。
除非所收集的标本中有足够数量的生物，否则每个反应（如20μL）一个拷贝的分析检测限没有什么意义，例如，检测血液病原体的问题，5至10mL的全血中可能只有不到10至100个生物。
为了可靠地检测和鉴定这类生物，需要从较大的标本量中提取和纯化核酸。
标本处理的其他问题包括：
► 标本的抑制剂；
► 含有核酸目标的细胞裂解不完全；
► 提取后核酸回收效率低下；
► 测试反应中使用的样品量小；
► 核酸降解。
与培养方法一样，可能需要测试不同的标本类型，或在不同日期采集的标本，以高度确定地排除感染（即使在测定分析灵敏度非常高的情况下）。
严格的质量对照和定制的提取程序可能对确保最灵敏的分子测定的最佳诊断成功很重要。
03分析特异性
外源污染导致的假阳性结果一直是核酸扩增方法的一个主要缺点。
引入大批量测试也增加了扩增子和标本的携带污染的风险。
检测系统中的非特异性信号也可能是假阳性的一个来源。
进一步混淆一些方法的特异性的是，对基于分子的测定可能检测到的无生命的生物的作用了解不多。
缜密的实验室操作和对测定参数的仔细鉴定对于最大限度地提高特异性和对阳性结果的信心非常重要。
